cd ~ não funcionará em cmd.exe (a menos que você tenha um diretório chamado " ~ " - o equivalente em cmd.exe é simplesmente antigo cd .
O Cygwin (e possivelmente outras implementações de) bash resolve isso corretamente. Você não está executando este comando em bash ?
cd ~ pode funcionar no Powershell, embora (diferente de cmd.exe ) ... ainda não tentou ...