O que você quer é tecnicamente impossível.
Você quer duas partições. Uma das partições só é acessível ao software armazenado na unidade. Impossível. Isso ocorre porque o computador no qual a unidade USB é conectada usa seus próprios drivers para gravar na unidade USB, portanto, não é restrito a permissão de arquivo.
Nenhum software atenderá às suas necessidades porque quebra o paradigma.
O melhor que você pode fazer é criar uma partição oculta que somente o Truecrypt possa entender . Ainda parecerá que tem dados, mas não será perceptível. Mas será parecido com espaço livre e você corre o risco de outros usuários sobrescrevê-lo.
A única maneira de atender às suas restrições de gravação é obter uma unidade USB com implementação de hardware de restrições de gravação.