Briss pode ser apenas a ferramenta de que você precisa. Certifique-se de que o Java (JRE) esteja instalado e certifique-se de ler as revisões vinculadas na página de download, embora o programa seja muito fácil de usar.
This project aims to offer a simple cross-platform (Linux, Windows, Mac OSX) application for cropping PDF files. A simple user interface lets you define exactly the crop-region by fitting a rectangle on the visually overlaid pages.