O ldlinux.sys é o nome do arquivo do carregador de inicialização usado em SYSLINUX e ISOLINUX (usado para inicializar o Linux nos sistemas de arquivos FAT32 e ISO9660, respectivamente). Ele é carregado na memória pelo BIOS na inicialização. O carregador então analisa o arquivo de configuração (syslinux.cfg ou isolinux.cfg) para saber qual kernel iniciar, juntamente com os parâmetros a serem passados para ele.
Essencialmente, você precisa desses arquivos, caso contrário o linux não será executado.