A redefinição do subsistema Bash é bem fácil. Para desinstalá-lo completamente, use o seguinte comando:
lxrun /uninstall /full
Para reinstalá-lo, use este comando:
lxrun /install
Isso será baixado novamente da Windows Store - não é tão grande e você obterá uma cópia completamente nova. Se você realmente estragar, re-download pode ser o único caminho a percorrer.