Você pode usar um script simples para verificar a existência de cada um dos arquivos, por exemplo:
for (( i=1; i<=1000; ++i )); do [ -e out_$i.dat ] || echo out_$i.dat missing; done
Se o número for formatado, digamos, para 4 dígitos, a linha de comando pode ser elaborada para:
for (( i=1; i<=1000; ++i )); do printf -v n out_%04d.dat $i; [ -e $n ] || echo $n missing; done
Alternativamente (graças ao comentário de @ dave_thompson_085):
for i in {0001..1000}; do [ -e out_$i.dat ] || echo out_$i.dat missing; done