Existem várias maneiras de funcionar, o mais fácil provavelmente será o clonezilla. Pode fazer uma imagem da sua VM e depois restaurá-la para o HDD.
Eu pessoalmente uso o rsync para transferir instalações Linux entre dispositivos, mas isso requer que você faça todo o particionamento manualmente antes de se mover, e instalando o grub manualmente de um chroot depois de copiado, para o novo HDD. Fazê-lo desta maneira permite-me escolher como será o particionamento e a formatação antes de restaurar a imagem. Eu posso mover um sistema ext4 não luks criptografado para um luks lvm criptografado com volumes lógicos btrfs por exemplo.
Você provavelmente poderia adicionar e depois redimensionar as partições após o fato de usar o disco rígido inteiro também.