Os arquivos PDF em si não são licenciados - O software que os cria pode ser.
Adobe - você pode ter um leitor de graça, mas o gravador normalmente custa dinheiro.
Open Source / Freeware - você pode ter gratuitamente o leitor Foxit, o PDF Creator de graça, o HTML2PDF (TCPDF) de graça ... etc.
Você não precisa de uma licença para criar um arquivo PDF, da mesma forma que não precisa de uma licença do Word para criar arquivos DOC (você pode usar o OpenOffice, por exemplo)
Seus clientes precisarão de um leitor / gravador capaz de assinar arquivos PDF - mas o software que eles usam para fazer isso (e os custos de licenciamento associados) são um problema deles - não o seu.
Espero que isso ajude.