Infelizmente - isto é como perguntar qual carro é mais adequado para pessoas que dirigem ... há e nunca será uma resposta definitiva ..
Dito isso, há algumas boas generalizações que você pode fazer:
Para administrar praticamente qualquer coisa, o Windows 7 / 2008R2 e o mais recente - PowerShell é uma ótima escolha. A razão para isto é que ele aproveita muito do poder da estrutura .net, possui módulos projetados especificamente para a funcionalidade do Windows (módulos SQL, módulos de diretório ativo, etc.) e é muito orientada a objetos. Ele também está começando a inovar no mundo do Linux à medida que a Microsoft se esforça para criar uma abordagem de plataforma unificada para a TI.
Para sistemas Windows mais antigos, VBScript e arquivos em lote geralmente eram o caminho a ser seguido. Lote de arquivos porque eles são uma maneira simples e eficaz de executar a maioria das tarefas e ter suas raízes de volta aos dias anteriores ao Windows. VBScript porque ele deu muita funcionalidade extra que, de certa forma, preencheu a lacuna entre as linguagens de programação VB compiladas e o script baseado em arquivos em lote.
Linux - scripts bash / shell . Tem sido um marco do mundo Linux por um longo tempo (embora o PowerShell esteja lentamente fazendo o seu caminho no mundo Linux para Enterprise)
Web - Javascript / PHP . Ambos os idiomas de plataforma cruzada - muito enraizados e usados em todo o mundo. Javascript é mais predominantemente do lado do navegador e tem montes de bibliotecas que o tornam muito poderoso (JQuery por exemplo). O PHP já existe há cerca de 20 anos como uma linguagem de servidor multiplataforma (Linux e Windows) de código aberto que impulsiona muitos gerenciadores de conteúdo populares (Joomla, WordPress etc)
Também há muitas outras boas linguagens de script entre plataformas disponíveis. Um que eu pessoalmente tenho vindo a amar é Python . Eu posso executar o mesmo script das minhas caixas XP, 8.1, 2012R2, Ubuntu e Kali, desde que eu tenha a versão correspondente do Python instalada em todas as máquinas.
A lista real de idiomas / metodologias disponíveis e seus propósitos podem continuar para sempre - então, sua melhor aposta é começar a olhar para o tipo de tarefas que você deseja realizar e encontrar um idioma adequado (você quer trabalhar em 2012R2 IIS - PowerShell, você deseja fazer script de páginas do lado do navegador - Javascript, etc.)
Fonte: 12 anos como Administrador de Servidores