Eu recomendaria usar algum tipo de editor de disco como sugerido por @Karan, mas ...
Se você quiser fazer isso de uma maneira muito dura e usar apenas o que está incluído no próprio DOS, então você deve olhar o comando debug .
Tenha muito cuidado porque o menor erro será desastroso.
Eu não posso dar instruções detalhadas agora, porque eu não toquei na máquina do MS-DOS por pelo menos 10 anos e funcionalidade particular por talvez 20 anos e eu não tenho uma máquina para testá-la, mas a referência vinculada deve dar ponteiros suficientes para alcançar o que você deseja.
Basicamente, você lê setor do disco, edita e grava de volta no disco.
Pesquisando isso: Um guia para DEBUG
Ele diz que você realmente não pode usar debug para modificar o MBR diretamente, mas depois descreve como fazê-lo.