Se um pacote estiver marcado como "não atualizar", significa que há uma versão mais recente do pacote disponível, mas apt-get upgrade não atualizará para ele porque envolveria a remoção de pacotes atualmente instalados ou a instalação de novos pacotes.
De man apt-get :
apt-get upgrade: Pacotes atualmente instalados com novas versões disponíveis são recuperados e atualizados; sob nenhuma circunstância são pacotes instalados atualmente removidos ou pacotes ainda não instalado recuperado e instalado. Novas versões do atualmente instalado pacotes que não podem ser atualizados sem alterar o status de instalação de outro pacote será deixado em sua versão atual. Uma atualização deve ser executado primeiro para que o apt-get saiba que novas versões pacotes estão disponíveis.
Você pode forçar uma atualização executando apt-get dist-upgrade , o que satisfará as dependências removendo pacotes e instalando novos pacotes.
Para mais informações, consulte What é "dist-upgrade" e por que ele atualiza mais que "upgrade"?