Esses arquivos de configuração precisam ser criptografados? Eu não vejo o que um .vimrc poderia manter secreto.
Além disso, não acho que o DropBox seja a melhor solução para arquivos de configuração de armazenamento em nuvem. Eles não mudam com muita frequência, e o DropBox não oferece recursos adequados de comparação e mesclagem e apenas armazena versões mais antigas por um mês.
Eu uso o Subversion para isso. Eu tenho um projeto Subversion onde eu armazeno muitos arquivos de configuração: Shell clássico, gtkrc, WinPatrol, perfis FireFox.ini, Sandboxie.ini, vimrc, etc etc.
Como esses arquivos não são alterados com freqüência e são arquivos de texto simples, o Subversion os manipula bem. O WinMerge oferece uma ótima interface gráfica para comparar versões, para que eu possa ver o que mudou.
Alguns arquivos podem ser armazenados ao vivo, como mpc-hc.ini. Outros, infelizmente, eu preciso copiar manualmente quando eu alterá-los.
Para armazenamento em nuvem, uso plan.io.