wget
também está disponível como um pacote Cygwin, então você pode instalá-lo usando o instalador do Cygwin. A partir desta escrita, a última versão disponível é wget-1.13.4.
Se você quiser apenas usar o wget, é mais fácil usar o pacote do Cygwin do que compilá-lo.
No entanto, a compilação da fonte também deve funcionar. Se configure
reclamar, provavelmente, alguma dependência (como uma biblioteca) está faltando.