É a mesma razão que você faria em um pneu de carro ao instalá-lo.
A idéia por trás de apertar os parafusos opostos é ter certeza de que a força é uniforme - você acaba apertando um par, e eles seguram a unidade bem e plana enquanto você aperta os outros dois. É improvável que você tenha danificado alguma coisa e, se o resfriamento estiver correto, você já o apertou o suficiente para fazer um bom contato.
Se funcionar, você provavelmente não danificou nada. Se você entortasse um pino ou esmagasse um núcleo, a CPU simplesmente não funcionaria.