Para ordenar numerais, você precisa usar o parâmetro -g .
sort -g <file_name>
Exemplo:
pilot6@Pilot6:~$ cat nums
-100
-10
0
99
11
-56
12
pilot6@Pilot6:~$ sort -g nums
-100
-56
-10
0
11
12
99
Se apenas números inteiros forem usados, sort -n é o preferido. Deve funcionar mais rápido.