A solução do malho para esse tipo de problema é tornar o diretório imutável. Isso deve ser feito com extremo cuidado, pois não é uma operação muito comum, portanto, se você fizer isso, é uma boa idéia deixar um arquivo para trás no diretório, com um aviso gigante:
# /some/directory/VAR_HAS_BEEN_MADE_IMMUTABLE.WARNING
Depois de fazer isso:
# chflags schg /some/directory/var
Você verá que ele não pode mais ser movido, excluído ou alterado, mesmo pelo usuário root, até que você tenha invertido o sinalizador.
Note que esta é a abordagem do BSD para o comando do linux chattr + i