Não, os programas de desfragmentação (online) diferem apenas nas heurísticas usadas para empacotar os dados no disco. A movimentação real dos blocos é feita chamando as APIs de desfragmentação do Windows. A API de desfragmentação é compatível com VSS e manipula com segurança instantâneos e outros recursos avançados de NTFS.
Na verdade, é mais perigoso usar um defragger offline, já que você está confiando a integridade do sistema de arquivos NTFS a códigos de terceiros que podem não entender todos os recursos do NTFS. Ao usar um defragger online, você garante que a desfragmentação seja feita usando o código da Microsoft, não importa qual empresa tenha escrito o defragger.
A propósito, o System Restore também foi implementado no Windows Vista usando o VSS. Portanto, não é novidade para o Windows 7. O que você fez para desfragmentar no Vista, será o mesmo no Windows 7.