O Ninite não está tecnicamente executando uma instalação tradicional 'silenciosa'. De acordo com a página Como funciona o Ninite :
After downloading an app's installer and confirming its validity Ninite begins to install it. The specifics of this differ for each app but our most general technique is to hide the installer's window when we run it and then automate the proper clicks and input to install the app right. Ninite's automation says "No" to any toolbars or other junk just like if you asked a technical friend to install an app for you. Settings like installation location are left as their defaults.
And that's how Ninite installs an app.
Para replicar esse processo, você pode criar scripts personalizados AutoIt / AutoHotkey que podem selecionar de forma semelhante as opções e clicar nos botões desejados para cada instalador. É claro que, sem dúvida, você precisaria executar cada instalador várias vezes para aperfeiçoar seu script, e cada script exigiria muito esforço. Realmente, por que se preocupar quando o povo ninita já fez todo o trabalho duro para você? Apenas use e poupe tempo e energia preciosos.
Outra opção poderia ser extrair cada instalador, depois reembalá-lo e criar seu próprio instalador personalizado que faz exatamente o que você deseja. Além das possíveis questões legais envolvidas (embora talvez não importe se você não redistribuir), esse método provavelmente exigirá um esforço ainda mais do que a solução de scripts.