Existem duas maneiras de evitar isso:
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Execute uma verificação de integridade no cartão SD antes da sincronização e compare os hashes após a sincronização. A verificação de integridade depende do tipo de sistema de arquivos usado. Você também pode fazer uma verificação de integridade baseada em arquivo se o formato do arquivo suportar isso.
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Mantenha várias cópias do cartão SD. Dessa forma, você sempre pode voltar para uma data anterior (antes da ocorrência da corrupção).
A opção 1 seria a opção aconselhável, se houver corrupção de dados, você quer saber sobre isso o mais rápido possível.