A versão do kernel 3.17 do Linux suporta o Thunderbolt. Eu tenho um MacPro rodando o Ubuntu 14.04 conectando-se a um array RAID Thunderbolt (um OWC Thunderbay).
Atualmente, o Ubuntu usa kernels mais antigos (14.10 está em 3.16), e se este for o caso com sua distro, você precisará atualizar.
Para o Ubuntu, essas instruções funcionaram muito bem:
Outras distros são provavelmente semelhantes.
Além disso, como estamos aqui, este artigo teve uma ótima descrição da configuração de uma matriz RAID.