Supondo que você queira abrir TODOS os PDFs no Illustrator ...
- Encontre um arquivo PDF criado pelo Illustrator
- Clique com o botão direito e clique em
Get Info
- Expanda a seção de qual aplicativo para abri-lo.
- Escolha o Adobe Illustrator na lista e marque a caixa para usar sempre este aplicativo
- Feche a janela e abra o arquivo
Isso deve tornar todos os PDFs abertos no Illustrator. Quanto a CERTOS arquivos PDF abrindo no Illustrator, não sei se isso é possível, a não ser escolhendo manualmente o Illustrator no menu Abrir com o Botão Direito - > Abrir Com