Existe uma ferramenta chamada SubInACL
da Microsoft, que, com os comandos corretos, pode passar pelas permissões de registro e correção. No entanto, eu não tenho uma fonte para isso porque eu só usei na loja em que trabalhei.
Dito isso, eu encontrei outra opção de uma fonte bastante confiável (enquanto procura por "SubInACL"). Supondo que a recuperação de um ponto de restauração anterior não seja possível, talvez valha a pena analisar.
If you have Windows XP Professional, you can type in a single command to repair the registry. This command is
secedit /configure /cfg %windir%\repair\secsetup.inf /db secsetup.sdb /verbose
This only works with Windows XP Professional and will not have any effect on other versions.
Fonte: link