Não há nada que force você a usar qualquer um deles. Você pode definir onde deseja que seus arquivos sejam armazenados. Algumas pessoas as movem sob suas contas de usuário, algumas pessoas criam um diretório /srv/
... Eu criei um diretório /websites/
.
/var/www/
é apenas uma convenção. Você não precisa seguir isso.
Editar : /srv/
é realmente uma convenção também , apenas não um Debian / Ubuntu segue atualmente.