A outra opção que eu recomendaria é o FreeOTFE. Mas você terá que essencialmente usar sua versão de um explorador de arquivos. Basta arrastar os arquivos para a janela do aplicativo portátil e ele será carregado. Em operação, parece um arquivo zip glorificado, sim. Mas pelo menos ninguém pode ver o que está dentro.
De qualquer forma, você não conseguiu encontrar um aplicativo que traga o manuseio nativo com um aplicativo portátil, porque isso aparentemente requer privilégios administrativos.