Você está usando LaunchBar ou algo semelhante?
Há algum tempo, uma ação de cópia (command-c) adiciona a seleção atual à área de transferência, em vez de substituir a área de transferência.
Isso ocorre principalmente durante a codificação no TextMate, mas também aconteceu no CSSedit. A ação faz um som "click" distinto. Isso não acontece toda vez que eu faço uma cópia e isso me deixa louco. Eu pesquisei as interwebs mas não consegui encontrar uma solução.