Como outros já disseram, você está acessando o email via POP com a configuração para excluir automaticamente o email quando ele é recebido pelo Outlook. Se você tem a capacidade de mudar de POP para IMAP. Isso permitirá que você mantenha o mesmo status em todos os locais. Por exemplo, você pode ver rapidamente o que foi lido e o que não foi feito em nenhum cliente.
EDIT: Ah sim, se você adicionar o cliente IMAP para o servidor enquanto você tem o pop ainda configurado você pode simplesmente arrastar os e-mails antigos da conta POP para o IMAP. Será lento, mas você terá todos eles no servidor.