A causa mais comum para um desligamento adequado do que um reinício é o superaquecimento. Certifique-se de que os ventiladores do gabinete e da CPU estejam funcionando bem. Existem vários programas que podem acessar vários sinais de temperatura disponíveis no Windows. Escolha o seu favorito e experimente.
Outra opção pode ser um rootkit que o MSE não encontrou. Tente colocar as mãos em uma ferramenta adequada de inspeção de rootkit.
Ainda outra opção é que alguns drivers falham. Isso realmente depende do tipo de software que você está depurando. Se é algo que faz processamento pesado de GPU como o CUDA, então é uma possibilidade, embora geralmente o Windows seja capaz de se recuperar de uma falha de driver com apenas alguns segundos de uma tela em branco.
Verifique o log de eventos do Windows para ver se há algo suspeito lá. Normalmente você encontrará algo lá mesmo se não houver caixa de mensagem quando o erro ocorreu.
Você também pode tentar atualizar o BIOS para a versão mais recente.