O padrão do Thunderbird é marcar mensagens para exclusão, as mensagens serão eventualmente excluídas do servidor, mas não imediatamente - geralmente, as mensagens não serão excluídas até você sair. O link explica o comportamento com um pouco mais de detalhes. Existem alguns benefícios e desvantagens para isso - o benefício mais importante é se você desfizer uma exclusão, o servidor ainda tem a mensagem, portanto, não precisa ser transferido de volta para o servidor para restaurá-lo, e a desvantagem mais importante é que as exclusões levam tempo para sincronizar com outros clientes.