Pelo que eu sei, a CPU virtual VMWare (a CPU que o convidado vê) não inclui suporte de virtualização de hardware. (Certamente não no nosso cluster VMWare.)
Isso significa que habilitar ou desabilitar a aceleração de hardware para um convidado de segundo nível não deve fazer nenhuma diferença, assim como não faria diferença para um convidado em uma máquina física que não oferecesse suporte à virtualização de hardware.