A primeira coisa é determinar o que você quer medir. Escolher um programa de benchmark porque é fácil de executar não é uma maneira de obter informações úteis. Então, qual aspecto do desempenho do computador é importante para você?
Em seguida, descubra se algum dos benchmarks prontamente disponíveis mede esse aspecto. Mais propriamente, quão próximos eles chegam de medir as características de desempenho de interesse para você. Se nenhum chegar perto o suficiente, você pode ter que escrever seu próprio benchmark (essa é sempre a melhor maneira de fazer comparações, mas também é o maior esforço). Note que nem sempre é óbvio exatamente o que um determinado benchmark está medindo. Eu vi programas destinados a medir o desempenho de ponto flutuante que passou mais tempo na formatação de seqüência de caracteres para apresentar sua saída.
Uma vez que você tenha se estabelecido em sua suíte de benchmark, você vai querer executá-lo em condições repetitivas, mas tão próximas de como você realmente estará usando a máquina quanto possível. Se o cache tiver um efeito importante em seu benchmark, você desejará descartar a primeira execução após uma reinicialização ou usar somente a primeira execução após uma reinicialização (o que estiver mais próximo da maneira como você realmente estará usando o computador).