A menos que você esteja preocupado com a possibilidade de não ter memória RAM suficiente para alternar regularmente para o disco, sugiro colocar o trabalho do projeto na unidade mais rápida. Espero que você perceba uma diferença ao trabalhar em arquivos grandes com processos que não estejam ligados à CPU. Você lerá / gravará em seus arquivos de mídia de trabalho muito mais do que você exigirá que a máquina leia arquivos de programas (e dados relacionados) e grave em arquivos de log na unidade do sistema.
Além disso, use o espaço que você tem de sobra na outra unidade para backups locais, a menos que você já tenha essa disposição de backup.