Tenho certeza de que isso não é um problema de endianidade, já que nunca tive problemas como esse, com milhares de arquivos abertos constantemente em ambas as plataformas por dezenas de usuários nos últimos 10 anos. O próprio Office cuidou disso enquanto ainda era um problema na plataforma PPC.
Você deve tentar ler os arquivos em um Mac para testar se eles ainda podem ser lidos lá.
Além disso, essa pergunta deve ser postada em superuser.com