Os dois codificadores de vídeo mais poderosos são FFMpeg e Mencoder (que faz parte do MPlayer). Ambos suportam conversões de e para quase todos os codecs.
Ambos são de código aberto, gratuitos e executados em qualquer lugar (Linux, Windows, MacOS, BSD *)
Eles são ferramentas de linha de comando e, portanto, podem ser um pouco complexos, mas permitem especificar exatamente o que você deseja. No entanto, se você usar o Google, há muitos front-ends de interface gráfica para ambas as ferramentas para qualquer sistema operacional que você esteja usando.