Eu iria para o Framemaker.
Tem suporte muito melhor para coisas como referências, índices e TOC. Você certamente pode fazer isso no InDesign também, mas com o Framemaker é muito mais fácil.
O InDesign é feito para documentos "criativos", como revistas, jornais ou livros. O principal objetivo do Framemaker são documentos técnicos, como os que você descreveu.