A sintaxe é simplesmente
ffmpeg -i DL126H.mov -pix_fmt yuv420p VideoClip0002.mp4
Isso codificará usando os parâmetros padrão, ou seja, usando libx264 no CRF 23 e AAC a 128 kbps.
Para usar parâmetros personalizados, como melhor qualidade de vídeo, use
ffmpeg -i DL126H.mov -crf 18 -pix_fmt yuv420p VideoClip0002.mp4
Isso preservará mais a qualidade da fonte, mas um arquivo maior
No caso do FFmpeg, a versão 'release' nunca é a versão mais recente. Sempre vá para a compilação nightly / snapshot / git.
Se você deseja codificar para MPEG-2, use
ffmpeg -i DL126H.mov -c:v mpeg2video -b:v 16M -bufsize 30M -maxrate 30M -pix_fmt yuv420p VideoClip0002.mp4
A especificação MPEG-2 foi projetada durante os dias de vídeo SD e seus padrões não são adequados para vídeo HD. Então, alguns deles precisam ser substituídos manualmente. O resultado joga para mim no WMP12.