Você pode usar um vbscript ou o PowerShell para o pop-up. Referência
ECHO Site1| clip
>NUL powershell -NoP -C "(new-object -COM WScript.Shell).popup('Your message here.',0,'Site1 0315')"
ECHO Site2| clip
>NUL powershell -NoP -C "(new-object -COM WScript.Shell).popup('Your message here.',0,'Site2 0135')"