Clique em Opções no menu e clique em Privacidade.
Em "Histórico \ Waterfox:" clique em "lembrar histórico" e altere para "Usar configurações personalizadas para histórico"
A última caixa de seleção é "Limpar histórico quando a Waterfox fecha".
Existe um botão de configurações à direita da opção que permite escolher o que você deseja limpar, uma das opções é cookies.