Seu afunilamento é o sistema de arquivos, não o disco. Quão bem a escalabilidade do sistema de arquivos (e sua implementação) nas operações de arquivo (criação / exclusão / etc) varia muito, dependendo da implementação e do design. Você provavelmente já arquiva uma taxa de transferência significativamente melhor ao gravar em um único arquivo sequencialmente, em vez de gravar a mesma quantidade de dados em arquivos diferentes que requerem muitas operações do sistema de arquivos (abrir / criar).
Se você precisa fazer muitas operações com arquivos, você precisa escolher um sistema de arquivos que seja melhor escalável no Linux do que no NTFS. XFS ou EXT4 são escolhas sólidas com bom desempenho.
Existem vários pontos de referência que comparam as diferenças de desempenho que aponte o mesmo.