A exclusão de um arquivo não remove seus dados (conteúdo) - ele apenas remove os metadados informando que o arquivo está lá e marca o espaço em disco correspondente como "livre para uso posterior".
Mas o mais importante é que o sistema operacional manterá os metadados ao redor pelo tempo que for necessário. Mesmo depois de desvincular o arquivo de seu diretório (ou de todos os diretórios se ele tiver vários hardlinks), o sistema operacional não excluirá o arquivo real, desde que pelo menos um processo o mantenha aberto. Então o arquivo ainda está lá simplesmente sem nome (mas ainda ocupando seu espaço) durante o resto da operação de cópia.
Eu fiz dizer "operação de cópia" porque os computadores não podem mover fisicamente os dados entre os discos - primeiro o arquivo é copiado para o destino, então o arquivo original é excluído. Na verdade, é por isso que você recebeu a mensagem de erro: o gerenciador de arquivos usa duas operações separadas (copiar e excluir); a cópia foi bem-sucedida, mas a exclusão falhou (porque você já tinha excluído)