Para listar alguns, você pode ter problemas com programas que precisam do seguinte:
- Acesso de baixo nível ao hardware, por ex. tentando acessar sua placa sem fio para capturar pacotes de forma promíscua (não pode imaginar porque você gostaria de fazer isso quando você tem Linux, no entanto) ou talvez piscando sua BIOS para exemplos crus.
- Acesso às suas partições de disco para recuperação de dados, etc. (novamente relacionado ao acesso de hardware de baixo nível)
- Alguns hardwares especializados (digamos, até mesmo algumas webcams) podem não funcionar através de máquinas virtuais, pelo menos sem uma configuração extensiva. Ou se você tem uma placa gráfica Nvidia, você provavelmente não será capaz de usar CUDA, etc.
- Alguns (não podem citar nenhum, mas não ouviram falar, adorariam exemplos) os fabricantes de software proíbem a virtualização de seu software, portanto, isso poderia ser uma questão legal em potencial.
- Aplicativos em que a segurança é importante, embora geralmente não seja um problema.
Estes são alguns dos problemas que posso imaginar, mas você pode encontrar um pouco mais. Claro, o desempenho seria a maior coisa para se preocupar, mas se você não está preocupado com isso, então você deve ser capaz de fazer praticamente tudo.