Você precisa de um cliente SCP para transferir os arquivos. Ele não está embutido no cliente gráfico do PuTTY, mas você pode executar uma ferramenta de linha de comando pscp.exe distribuído com o PuTTY.
Abra a linha de comando na máquina Windows e execute o seguinte (assumindo que file.txt está no diretório atual):
"C:\Program Files\PuTTY\pscp.exe" file.txt pi@your_pi:Desktop/
Ele transferirá o arquivo para o diretório Desktop dentro do diretório home do usuário pi .