Se os seus padrões de arquivo forem simples, você não precisará realmente de um regex e poderá usar um caractere curinga simples:
pdfunite handout??.pdf
Caso contrário, você pode usar um regex com o comando find
e -regex, mas não consegui encontrar uma maneira de executá-lo que não tenha a possibilidade de se dividir em vários grupos de arquivos. Algumas das maneiras de fazer isso também dependem de nenhum dos nomes de arquivos terem espaços.