Eu atualizei uma maneira de fazer isso, mas não é a maneira recomendada de criar uma entrada .desktop (tem que haver uma maneira melhor de fazer isso).
1) Abra o Gedit do Terminal com privilégios de root usind gksu gedit
2) Abra um arquivo .desktop de /usr/share/applications e copie-o para um novo arquivo.
3) Edite o nome, comentários e imagem ao seu gosto.
4) Altere o comando para java -jar %u NÃO ESQUEÇA O %u
5) Salvar
6) Clique com o botão direito do mouse no arquivo .jar no nautilus, selecione properties>open with>show all applications e selecione a nova entrada, selecione add ou set as default .