Eu atualizei uma maneira de fazer isso, mas não é a maneira recomendada de criar uma entrada .desktop
(tem que haver uma maneira melhor de fazer isso).
1) Abra o Gedit do Terminal com privilégios de root usind gksu gedit
2) Abra um arquivo .desktop
de /usr/share/applications
e copie-o para um novo arquivo.
3) Edite o nome, comentários e imagem ao seu gosto.
4) Altere o comando para java -jar %u
NÃO ESQUEÇA O %u
5) Salvar
6) Clique com o botão direito do mouse no arquivo .jar
no nautilus, selecione properties>open with>show all applications
e selecione a nova entrada, selecione add
ou set as default
.