Tendo certos diretórios HOME localizados no SSD acelerar consideravelmente o desempenho geral do sistema.
No entanto, eu reverti que deixar todos os subdiretórios em sua localização padrão na minha HOME em um disco rígido, simplesmente porque os backups e restaurações são mais fáceis então. Também no caso de você quebrar alguma coisa e ter que reinstalar seu sistema operacional, você terá que tomar cuidado para não sobrescrever seus diretórios com links simbólicos no SSD.
Caso seu SSD seja grande o suficiente para armazenar a maior parte do HOME (o que parece ser o seu caso), você pode considerar colocar diretórios menos usados ou aqueles que contêm arquivos grandes em um disco rígido separado e vincular, por exemplo. ~/Music
ou ~/Videos
para a localização do disco rígido.
Como o argumento freqüentemente ouvido que freqüente ciclos de gravação para o SSD pode desgastar mais cedo pode ser verdade, mas temos que ter em mente que também são apenas as coisas freqüentes que podemos querer ter acelerado (então no custo da vida útil do nosso SSD).