Você poderá instalar o que quiser, sejam programas, arquivos, etc ... e será tratado como qualquer outro drive / partição. A única exceção é que não será a unidade "principal", portanto, ao instalar programas, talvez seja necessário alterar manualmente o destino da instalação. Existem soluções para resolver esse inconveniente.
Se você está pensando em usar cartões Micro SD como meio de armazenamento para a operação do seu computador (via slot para cartão SD) eu sugiro strongmente olhar para as várias classes de velocidade de cartões SD, vendo como alguns são muito mais lentos que outros. O link a seguir fornece as informações necessárias para determinar diferenças entre cartões.