Tamanho de alocação maior pode significar mais fragmentação interna e tamanho pequeno de alocação pode significar maior fragmentação externa. Conceitos de sistemas operacionais (Dê uma olhada na página 387, seção 8.3.3)
Você provavelmente deve usar o que quer que seja o padrão.
Indexando o arquivo irá melhorar os tempos de pesquisa.
Os tempos de leitura e gravação têm mais a ver com o hardware (disco rígido, CPU, RAM), o design do sistema operacional e o recurso USB do computador (2.0, 3.0 etc.). Organização e design de computadores veja o Capítulo 5, página 477.