O manual do usuário do seu computador pode ser encontrado aqui: ftp://ftp.dell.com/Manuals/all- produtos / esuprt_desktop / esuprt_optiplex_desktop / optiplex-990_Service% 20Manual4_en-us.pdf
Com a maioria das placas-mãe, você deve sempre trabalhar a partir da porta 1, mas isso realmente não importa, a menos que tenham velocidades diferentes e que você queira um desempenho de pico. Por exemplo minha placa mãe asus tem 4 portas, duas sata 6gbps e duas sata 3gbps .. Eu gostaria de usar minhas portas de 6gbps antes de usar minhas portas de 3gbps. Eu acredito que as cores são usadas para destacar a porta um.
Se as outras portas são todas da mesma cor, eu não me preocuparia.