No seu ~/.vimrc , você pode verificar se a versão da GUI está sendo executada via :if has('gui_running') .
Como alternativa, a configuração que você coloca em ~/.gvimrc é somente originada (mas no final!) no GVIM.
O que você chama de "temas" geralmente é chamado de esquema de cores , e a variante é selecionada com o comando eponymous Ex. No caso geral, você pode usar :runtime (ou :source ) desses scripts, por exemplo, dentro da condicional :if mencionada acima.
Exemplo
if has('gui_running')
colorscheme twilight
else
colorscheme twilight256
endif