Eu tive problemas semelhantes, no Gerenciador de Tarefas do Windows ele mostra 100% de uso da CPU e alto uso de memória na imagem virtual do Windows 7 SP1 usando o vmware vSphere 5.1.0. Mesmo depois de adicionar mais memória e CPU, ele usaria o que o sistema tiver.
Depois de remover todas as atualizações do Windows no Windows 7 e instalá-las manualmente pelo tipo, consegui determinar que a atualização do Windows Security era a causa raiz.
Outra ótima ferramenta é o "Process Explorer" da Microsoft, que fornece mais detalhes do que o Gerenciador de Tarefas nativo do Windows.