Você pode tentar usar o comando set /p
. Existe um exemplo:
echo The file Input.txt doesn't exist
set /p answer= Do you want to create it now (Y/N)?
if /i "%answer:~,1%" EQU "Y" start notepad.exe
if /i "%answer:~,1%" EQU "N" exit /b
echo Please type Y for Yes or N for No